Note que Archaea não está em posição de originar Bacteria. Todos derivam de um mesmo ancestral comum, representado pela cor amarela. Muitos estudos concluíram que as Archaea tem características sim de Eukarya e também de Bacteria, porém não deixam de ter características únicas, peculiares. Por isso estão em grupo separado dos demais e atualmente recebem esta nomenclatura apenas. Algo que ainda não foi totalmente esclarecido acerca deste domínio, é o motivo de serem extremófilas (e como suportam?), ou seja, viverem em condições adversas extremas (altíssimas temperaturas, salinidade extrema, pH, entre outros meios).
Sempre tentando “arrumar” a classificação, os cientistas subdividiram este domíno em cinco filos: Crenarchaeota,Thaumarchaeota, Nanoarcheota, Euryarchaeota e Korarchaeota
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